
Cũng giống như thuốc Bắc, những cây thuốc nam dù quý và tốt đến đâu cũng có chứa một phần độc tính. Tùy thuộc vào khí hậu, đất đai, thổ nhưỡng, cách chăm sóc mà dược tính, độc tính của mỗi loại dược liệu sẽ khác nhau.
Vì vậy, ông cha ta đã đúc kết kinh nghiệm và phân loại những cây thuốc nam quý thành các nhóm khác nhau để tiện trong việc sử dụng, bào chế và chữa bệnh. Dưới đây là một số cách phân loại phổ biến, thường gặp nhất:
Phân loại các cây thuốc nam theo thuyết âm dương
- Dược liệu có tính âm (Âm dược): Đây là những cây thuốc quý có tính trầm, mát, mặn, giáng lạnh, chua, đắng, dùng trị những bệnh thuộc dương chứng
- Dược liệu có tính dương (Dương dược): Là những cây thuốc nam có tính phù, thăng, nhạt, cay, ngọt, ấm, nóng, trị những bệnh thuộc âm chứng.

Phân loại thuốc Nam theo thuyết ngũ hành
Theo thuyết âm dương ngũ hành, mỗi hành sẽ tương ứng với một vị, màu sắc, đặc tính khác nhau. Dựa vào đó, những thầy thuốc Đông y đã phân loại dược liệu ra theo màu sắc, vị để có cách áp dụng trị bệnh phù hợp:
Về màu sắc dược liệu: Màu đỏ trị huyết, tâm; màu xanh đi vào can; màu vàng trị bệnh tiêu hóa, màu đen trị bệnh thận, màu trắng trị phế
Theo mùi vị dược liệu:
- Cay: Được dùng trị bệnh thuộc về biểu, khí huyết ngừng trệ, ra mồ hôi, tán phong hàn, giảm đau, chống cho thắt, tiêu ứ hoạt huyết
- Đắng: Tác dụng của nhóm cây thuốc nam có vị đắng là chỉ tả, táo thấp (giảm tiết xuất), thường dùng cho chứng thấp nhiệt.
- Ngọt: Đây là dược liệu có tác dụng bổ dưỡng, chữa chứng hư, giải độc, hòa hoãn cơm đau.
- Chua: Đây là dược liệu có tác dụng cố sáp (chống tiết xuất làm khô), thu liểm, dùng chữa chứng ra mồ hôi, sáp – niệu, cố tinh
- Mặn: Là dược liệu có tác dụng làm mềm chất ứ đọng, táo kiết (khó tiêu, táo bón…), có tác dụng làm tẩy xổ.
- Đạm (Không vị): Đây là cây thuốc quý có tác dụng lợi tiểu
Phân loại cây thuốc nam theo bát pháp
Đây là cách phân loại các cây thuốc quý theo tác dụng, cụ thể như sau:
- Thuốc thanh: Là cây thuốc có khả năng làm mát cơ thể, dùng cho chứng viêm nhiễm, sốt, giải độc cơ thể, thanh nhiệt
- Thuốc ôn: Sử dụng trị các bệnh như lạnh ở tỳ vị, lạnh do suy giảm khả năng tuần hoàn
- Thuốc hản: Đây là thuốc có khả năng làm ra mồ hôi
- Thuốc tiêu: Là những cây thuốc có khả năng làm tiêu giảm những cục, hòn nổi lên trên cơ thể, tiêu viêm, tiêu ứ, hóa tích
- Thuốc hạ: Là những cây thuốc nam có khả năng tẩy xổ, trị bệnh táo bón, khó tiêu
- Thuốc thổ: Là cây thuốc có khả năng gây nôn, nhằm tống tháo những chất có trong dạ dày ra ngoài.
- Thuốc hỏa: Đây là thuốc dùng điều hòa nóng lạnh cho cơ thể, dùng khi bị sốt rét hoặc bệnh bán biểu bì bán lý.
Phân loại cây thuốc nam theo Bản thảo
Trong Thần nông bản thảo ghi chép về hơn 365 cây thuốc, phân loại thành 3 nhóm chính gồm:
- Thuốc thượng phẩm: Là những cây thuốc quý sử dụng không có độc tính
- Thuốc trung phẩm: Là những dược liệu có tác dụng trị bệnh, nhưng có chứa 1 phần độc tính
- Thuốc hạ phẩm: Đây là những cây thuốc nam có tác dụng trị bệnh nhưng độc tính cao.
Phân loại cây thuốc nam theo dược lý
Dựa trên dược lý của cây thuốc, người ta phân ra thành 10 loại gồm:
- Thuốc bổ: Cây thuốc chữa suy yếu
- Thuốc thông: Cây thuốc nam chữa ứ, trệ
- Thuốc kinh: Cây thuốc quý chữa các chứng thực
- Thuốc sáp: Cây thuốc nam quý chữa chứng thoát, lỏng
- Thuốc táo: Dược liệu cchữa chứng ẩm thấp
- Thuốc tuyên: Cây thuốc chữa ngăn, uất
- Thông tiết: Chữa chứng bế
- Thuốc trọng: Thuốc chữa chứng bất an, khiếp sợ
- Thuốc hoạt: Cây thuốc nam quý chữa chứng táo, kết
- Thuốc thấp: Dược liệu chữa chứng khô táo

Ngoài những cách phân loại kể trên, cây thuốc nam còn được phân loại theo một số tiêu chí khác như:
- Phân loại theo dạng bào chế: Sẽ gồm thuốc dạng thang, thuốc bột tán, thuốc viên hoàn, thuốc tễ, thuốc dạng cao
- Phân loại cây thuốc nam theo đặc điểm: Loại ngũ cốc và hạt, loại củ, loại quả, loại thân, loại rau, họ ngũ gia bì, họ á phiện…
- Phân loại theo dược lý cây thuốc: Thuốc tẩy xổ, thuốc nhuận gan mật, thuốc hạ nhiệt, thuốc long đởm, thuốc ho, thuốc tiêu viêm,…